从长读序列测序中生成的人类背部根团 (DRG) 的RNA异形表达景观

科学领域:

• 神经科学是一个神经科学.
• 分子生物学分子生物学
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 替代拼接产生多样化的mRNA异型,对神经系统的复杂性和功能至关重要.
• 拼接变异与神经系统疾病有关,包括神经退行症和慢性疼痛.
• 了解外周神经系统拼接是识别新型疼痛相关基因的关键.

研究的目的:

• 在人类外周神经系统中对mRNA异型表达的特征.
• 创建一个资源,用于识别参与体感和 nociception 的基因的新型异型.
• 为了研究人类背部根 (hDRG) 的拼接多样性.

主要方法:

• 长读测序 (LRS) 用于对来自器官捐赠者的hDRG中的异型表达进行分析.
• 用独立的hDRG样本的短读测序 (SRS) 数据验证了异形表达.
• 严格的表达切断被应用到异构体检测和验证.

主要成果:

• 在hDRG.中检测和验证了19,547种蛋白质编码基因异型.
• 鉴定了763种新型异型,它们具有以前未被描述的拼接接口.
• 在与疼痛相关的基因 (如ASIC3,MRGPRX1和HNRNPK) 中发现了未注释的异构体,具有显著的5'UTR修饰和改变的酸化位点.

结论:

• 长读数测序提供了对人类背部根腺中的mRNA异形多样性的全面了解.
• 与疼痛相关的基因中的新型异构体表明了体感和 nociception 的新机制.
• 慢性疼痛患者对hDRG的未来研究可能会揭示异常拼接事件并确定新的治疗点.