在发现瘤特异性替代拼接衍生的细胞表面抗原在质瘤的挑战

科学领域:

• 在瘤学瘤学.
• 免疫治疗是一种免疫疗法.
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 固体瘤,包括质瘤,由于瘤异质性,对癌症免疫疗法提出了重大挑战.
• 向瘤特异性替代拼接 (AS) 是识别新型新抗原的潜在策略.
• 来自AS事件的新抗原可能会被抗体或化学抗原受体 (CAR) - T细胞所准.

研究的目的:

• 为了调查瘤特异性AS事件在质瘤.
• 为了识别产生细胞表面新抗原的AS事件,独立于主要基因相容性复合体 (MHC) 呈现.
• 评估这些新抗原对抗体和基于CAR-T细胞的疗法的潜力.

主要方法:

• 从癌症基因组图谱 (TCGA) 和基因型-组织表达 (GTEx) 项目中大量RNA测序数据的系统分析.
• 使用外部RNA测序数据集识别和验证AS事件.
• 在患者衍生的质母细胞细胞上进行全长的转录安普利康测序.
• 对空间映射和纵向收集的临床瘤样本的分析.
• 蛋白质组学分析以检测可能的新抗原.

主要成果:

• 在7个基因中确定了13个AS事件,预计在10%以上的质瘤患者中表达.
• 在*PTPRZ1*和*BCAN*中确认了AS事件.
• 在临床瘤样本中观察到候选AS事件的显著时空异质性.
• 蛋白质组学分析未能检测出匹配假定新抗原的谱.

结论:

• 瘤特异性AS事件在质瘤中表现出复杂的特征,包括显著的时间空间异质性.
• 这些AS衍生的新抗原在蛋白质水平上的难以捉摸的性质对治疗向提出了挑战.
• 未来的免疫疗法努力可能会从专注于细胞内,MHC呈现的抗原中受益.