路径银行2.0-模型生物代谢基因的路径数据库
David S Wishart1,2,3,4, Ray Kruger1, Aadhavya Sivakumaran1
1Department of Biological Sciences, University of Alberta, Edmonton, AB T6G 2E9, Canada.
Nucleic acids research
|November 14, 2023
概括
路径银行2.0为代谢学研究人员提供了重大升级,显著扩大了路径数据,并提高了药物代谢研究的可用性. 此更新改进了路径可视化和分析工具,以更好地解释数据.
科学领域:
- 代谢学 代谢学 代谢学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- 自2010年以来,PathBank和SMPDB一直为代谢学社区提供服务.
- 数据库不断发展,以满足社区需求和技术进步.
研究的目的:
- 推出PathBank 2.0,详细介绍重要的升级和改进.
- 提高研究人员的途径信息的实用性和可访问性.
主要方法:
- 扩大正规和总途径计数.
- 改善路径图和路径描述质量.
- 药物代谢和机制通路的整合.
主要成果:
- 圣典途径从1720年增加到6951年.
- 总的路径从110,234升至605,359.9路径.
- 引入了增强的路径可视化,过和分析工具.
结论:
- 路径银行2.0在数据范围和功能方面提供了实质性的改进.
- 升级增强了易用性和用于代谢学数据解释的应用.
- 新工具支持药物代谢研究和途径丰富分析.
