探索Andrographis paniculata在开发新型HDAC抑制剂方面的潜力:一种in silico方法
Debalina Das1, Ritesh Banerjee2, Maumita Bandyopadhyay1
1Plant Molecular Cytogenetics and Plant Biotechnology Laboratory, Department of Botany, Centre of Advanced Studies, University of Calcutta, Kolkata, West Bengal, India.
Journal of biomolecular structure & dynamics
|November 16, 2023
概括
这项研究选了来自Andrographis paniculata的34种化合物,通过向Histone deacetylases (HDACs) 来检测潜在的抗癌活性. 安德罗格拉皮丁E和安德罗格拉皮塞德显示出高结合亲缘关系,表明它们作为癌症治疗新药候选药物的潜力.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 药理学 药理学是指药理学的学科.
- 计算化学计算化学
背景情况:
- 癌症是全球主要的致病原因,表观遗传学在癌症的发病和进展中发挥着至关重要的作用.
- 基因组脱乙酶 (HDACs) 是表观遗传调节剂,通常在癌症中过度表达,促进转移和血管生成.
- 向HDACs是癌症治疗的一个有希望的治疗策略.
研究的目的:
- 来识别来自*Andrographis paniculata*的潜在抗癌药物候选者,这些药物针对的是I类HDACs (HDAC1,HDAC3,HDAC8).
- 用计算方法评估选择的植物化学品对HDAC标的药物样性和结合亲和力.
主要方法:
- 在中对34种来自Andrographis paniculata的化合物进行选,以对抗HDAC1 (PDB: 5ICN),HDAC3 (PDB: 4A69) 和HDAC8 (PDB: 5FCW).
- 分子对接研究以评估结合亲和力,与对照药Givinostat进行比较.
- 主要成分分析 (PCA) 用于植物化合物的统计分组.
- 分子动力学 (MD) 模拟和MM-PBSA用于验证排名最高的复合物的稳定性.
主要成果:
- 几种植物化学物质表现出显著的类似药物的特性.
- 类黄类Andrographidine E对HDAC1 (-9.261 Kcal/mol) 和HDAC3 (-9.554 Kcal/mol) 的结合亲和度最高.
- 迪特尔佩诺伊德安德罗格里西德对HDAC8 (-9.588 Kcal/mol) 具有最高的结合亲和力.
- PCA将34种化合物分为四组,表明它们具有不同的抑制潜力.
- MD模拟和MM-PBSA证实了安德罗格拉皮丁E-HDAC1/HDAC3和安德罗格拉皮-HDAC8复合物的稳定性.
结论:
- *Andrographis paniculata*化合物,特别是Andrographidine E和Andrographiside,显示出作为I类HDAC的抑制剂的显著潜力.
- 这些发现支持从自然产品中提取的新型抗癌疗法的开发,这些疗法针对的是表观遗传机制.
