开放NAU:一个开源平台,用于规范化,分析和可视化癌症非目标代谢学数据.

科学领域:

• 代谢学 代谢学 代谢学
• 生物信息学是一种生物信息学.
• 计算生物学 计算生物学

背景情况:

• 非向的代谢学对于研究瘤机制和识别代谢标志物至关重要.
• 高通量光谱数据带来了重要的数据分析挑战,从原始数据提取到差异化代谢物识别.
• 不同的分析工具和参数设置在非目标代谢学中产生了不同的结果.

研究的目的:

• 建立一个易于操作的平台,用于非定向的代谢学数据分析.
• 为了获得可重复和可靠的分析结果.
• 解决处理和分析高吞吐量代谢学数据的挑战.

主要方法:

• 开发了使用R语言原始数据的预处理系统.
• 使用LAMP (Linux+Apache+MySQL+PHP) 架构构建了一个云质谱数据分析系统.
• 构建了一个名为openNAU.U的开源分析软件.

主要成果:

• 开放NAU软件是为非目标代谢学数据分析而创建的.
• 该软件包括原始质量数据提取和质量控制,用于识别差异化代谢离子峰值.
• 使用公共数据库建立了一个参考代谢学数据库.

结论:

• 成功建立了一个针对非向代谢学的综合分析系统平台.
• 该平台提供了一个用户友好的界面,用于添加和更新分析流程,简化复杂的分析.
• 开源代码可供下载,促进可访问性和进一步开发.