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Updated: Jul 11, 2025
12:25
Counting Proteins in Single Cells with Addressable Droplet Microarrays
Published on: July 6, 2018
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在基于滴滴的单细胞蛋白质表达数据中的背景噪声的表征和消毒,使用DeconPro
Yuan Yin1, Masanao Yajima2, Joshua D Campbell1
1Section of Computational Biomedicine, Department of Medicine, Boston University School of Medicine, Boston, MA 02118, USA.
Nucleic acids research
|November 16, 2023
概括
研究人员发现,CITE-seq数据中的空滴可能含有中性粒细胞和称为"spongelets"的文物,有助于背景噪音. 他们开发了贝叶斯模型DecontPro,以有效地消除这种污染,并提高细胞表面蛋白质分析的数据质量.
科学领域:
- 单细胞基因组学和转录基因组学
- 免疫学和细胞生物学
- 计算生物学和生物信息学
背景情况:
- 像CITE-seq这样的细胞测试用抗体衍生标签 (ADT) 量化细胞表面蛋白质.
- 在ADT测量中的高背景噪声可能会使下游数据分析复杂化.
- 基于RNA含量识别空滴的现有方法可能会错误地分类具有高ADT水平的细胞.
研究的目的:
- 在CITE-seq ADT数据中识别和描述背景噪声源.
- 开发一种用于消毒ADT数据的计算方法.
- 提高CITE-seq工作流中的下游分析的准确性和特异性.
主要方法:
- 对外围血液单核细胞 (PBMC) 数据集的探索性分析,以识别空滴中的工件.
- 一种名为"海绵"的新型文物,具有明显的ADT表达模式的特征.
- 开发了DecontPro,这是一个贝叶斯的等级模型,用于估计和消除ADT污染.
主要成果:
- 在空滴中发现了与环境噪音不同的"海绵",有助于背景ADT信号.
- 证明形细胞中的ADT水平与来自真细胞的背景噪声相关.
- DecontPro有效地删除异常的ADT,保留原生ADT,并与其他工具相比增强集群特异性.
结论:
- 对于CITE-seq.中的RNA和ADT数据,空滴标识应分别进行.
- 在CITE-seq数据中,DecontPro提供了一个强大的解决方案,以减轻ADT污染.
- 将DecontPro纳入CITE-seq工作流可以显著提高单细胞蛋白质表达分析的质量.
