使用单细胞ATAC测序,对原发性肝癌中转录因子活性进行全基因组分析
Amanda J Craig1, Maruhen A Datsch Silveira1, Lichun Ma2
1Laboratory of Human Carcinogenesis, Center for Cancer Research, National Cancer Institute, Bethesda, MD 20892, USA.
Cell reports
|November 19, 2023
概括
这项研究确定了在原发性肝癌 (PLC) 中区分肝细胞癌 (HCC) 和肝内胆管癌 (iCCA) 的关键转录因子. 这些发现为开发针对不同肝癌亚型的向治疗提供了洞察力.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 原发性肝癌 (PLC) 包括肝细胞癌 (HCC) 和肝内胆管癌 (iCCA).
- 推动HCC和iCCA之间的谱系承诺的分子机制,特别是转录因子 (TF) 的作用,尚不清楚.
- 了解这些差异对于开发亚型特定治疗至关重要.
研究的目的:
- 研究转录因子在区分HCC与iCCA中的作用.
- 为了确定特定的TF家族参与恶性肝胆细胞的血统承诺.
- 探索这些TFs作为原发性肝癌的治疗点的潜力.
主要方法:
- 转录调节元件的全基因组分析,使用转化酶可访问的染色体测序 (scATAC-seq) 的单细胞测定.
- 分析了16名原发性肝癌患者的开放色素样本.
- TF图案丰富分析,以确定HCC和iCCA之间的歧视因素.
主要成果:
- scATAC-seq成功地分析了肝脏瘤的细胞组成,包括恶性和微环境细胞.
- 丰富分析确定了31个TF,这些TF显著区分HCC和iCCA.
- 涉及的关键TF家族包括核/类受体,POU和ETS.
- POU因素与预后特征相关,特别是在iCCA.
结论:
- 核受体,ETS和POU TF家族在划分HCC和iCCA之间的转录调节中发挥着关键作用.
- 这些已识别的TF代表了初级肝癌中精准医学的潜在生物标志物和治疗点.
- 对这些TF家族的进一步研究可能会导致肝癌的亚型特异性治疗方法的开发.
