全基因组表达QTL映射揭示了一个主要的小麦病原体的高度动态的监管格局
Leen Nanchira Abraham1,2, Daniel Croll3
1Laboratory of Evolutionary Genetics, Institute of Biology, University of Neuchâtel, 2000, Neuchâtel, Switzerland.
BMC biology
|November 20, 2023
概括
在真菌病原体中的调节多态性,如Zymoseptoria tritici驱动适应. 这项研究绘制了基因表达变异的地图,揭示了对病原体生存和对宿主耐药性的进化至关重要的广泛的调节多样性.
科学领域:
- 农业科学 农业科学
- 遗传学 遗传学 是一个
- 植物病理学 植物病理学
背景情况:
- 农业中的疾病爆发威胁到粮食安全.
- 病原体的生存依赖于复杂的基因调节来逃避宿主免疫力.
- 在病原体种群中调节多态的适应作用仍然不清楚.
研究的目的:
- 为了创建一个基因组范围的监管多态度影响基因表达在Zymoseptoria tritici.
- 了解这些多态化如何促进病原体的适应.
主要方法:
- 146个Zymoseptoria tritici菌株的全基因组转录概况.
- 在营养饥饿下绘制表达量的特征位置 (eQTL) 映射.
- 对cis-eQTLs及其相对于转录起点 (TSS) 的分布的分析.
主要成果:
- 确定了65.3%的基因的cis-eQTLs,大多数基因位点位于TSS附近.
- 证明不同基因元素对表达变异的不成比例贡献.
- 在致病基因中发现了调节变异的丰富,这表明表观遗传调节.
- 显示的特征相关SNP通常是cis-regulatory变体.
结论:
- 单个病原体种群存在相当大的监管差异.
- 这种变异是快速适应宿主耐药性和环境变化的关键驱动因素.
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