使用高通量测序检测植物RNA病毒的计算管道
Livia Donaire1,2, Miguel A Aranda3
1Abiopep S.L., Parque Científico de Murcia, Complejo de Espinardo, Murcia, Spain. ldonaire@abiopep.com.
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
|November 21, 2023
概括
本章介绍了使用高通量测序 (HTS) 和自由软件检测植物病毒的计算管道. 该管道分析来自Illumina测序的短读数,需要基本的Unix和R知识来识别病毒.
科学领域:
- 植物病毒学 植物病毒学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 准确检测植物病毒对于农业至关重要.
- 高通量测序 (HTS) 为病毒诊断提供了一个强大的工具.
- 现有的生物信息管道可能需要专门的专业知识或专有软件.
研究的目的:
- 描述一个用户友好的计算管道用于in silico植物病毒检测.
- 通过使用HTS数据从总RNA中识别植物病毒.
- 通过使用免费和可访问的软件工具提供可复制的工作流.
主要方法:
- 开发一个用于分析HTS短读的计算管道 (Illumina).
- 包括RNA净化,库准备和测序建议的步骤.
- 生物信息学工作流涉及阅读策划,连接组装和对病毒数据库进行BLAST搜索.
- 实施过器来完善病毒识别和读取重新映射以进行覆盖范围分析.
主要成果:
- 这里详细介绍了一个完整的计算管道,用于in silico植物病毒检测.
- 该管道通过将组装的接口与参考数据库进行比较来成功识别病毒.
- 为重新绘制读数提供代码,以评估已识别的病毒的测序深度和覆盖范围.
结论:
- 描述的管道有助于从HTS数据中检测植物病毒.
- 工作流可以被基本的Unix命令行和R语言知识的用户访问.
- 这种方法支持高效和成本效益的植物病毒诊断.
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