一个开源,自动化和成本效益的平台,用于COVID-19诊断和快速的便携式基因组监测,使用纳米孔测序
Gerardo Ramos-Mandujano1, Raik Grünberg2, Yingzi Zhang1
1Stem Cell and Regeneration Laboratory, Bioscience Program, Biological and Environmental Science and Engineering Division (BESE), King Abdullah University of Science and Technology (KAUST), 23955-6900, Thuwal, Kingdom of Saudi Arabia.
Scientific reports
|November 22, 2023
概括
本研究介绍了一个开源的自动化平台,用于COVID-19诊断和变种跟踪,利用内部试剂和机器人提取. 该系统提供了一个可扩展的,具有成本效益的解决方案,用于快速检测病原体和基因组监测.
科学领域:
- 生物技术是生物技术.
- 传染病诊断 传染病诊断 传染病诊断
- 基因组监测 基因组监测
背景情况:
- 随着COVID-19的爆发,人们越来越需要自给自足的诊断工具.
- 全球供应链中断需要在当地生产试剂和设备.
研究的目的:
- 开发一个开源的自动化平台,用于高通量RNA提取和病原体诊断.
- 整合内部制造的试剂和用于SARS-CoV-2变种跟踪的新型测序技术.
主要方法:
- 开发了磁纳米粒子和qRT-PCR试剂的自制方法,获得了监管部门的批准.
- 实施了一个开源的机器人提取协议,并集成了近实时分析 (NIRVANA) 技术的异热快速病毒放大的纳米孔测序.
- 验证了平台的高可重现性,一致性和诊断准确性,与商业测试相美.
主要成果:
- 自动化平台显示出高可重复性和一致性,没有交叉污染.
- 检测极限,灵敏度和特异性与现有的商业诊断试验可比.
- 自动化的NIRVANA有效地识别了循环的SARS-CoV-2变种.
结论:
- 开发的平台为COVID-19诊断和变种跟踪提供了一个可扩展,快速和经济有效的解决方案.
- 内部试剂和自动化工作流程减少了对全球供应链的依赖.
- 便携式基因组监测策略对于有效的流行病应对至关重要.


