在废水中进行病毒监测的便携式单核酸多态特异双重检测
Chamteut Oh1, Guanhua Xun2, Stephan Thomas Lane3
1Department of Civil and Environmental Engineering, University of Illinois Urbana-Champaign, Urbana, IL, USA; Department of Environmental Engineering Sciences, University of Florida, Gainesville, FL, USA.
The Science of the total environment
|November 22, 2023
概括
一种新的病毒检测试验使用Pyrococcus furiosus Argonaute (PfAgo) 酶进行敏感和特定的病毒序列检测,包括SARS-CoV-2 Delta变异中的单核酸多态 (SNPs). 这种便携式检测方法可以改善基于废水的病毒监测.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 生物技术是生物技术.
- 环境科学 环境科学
背景情况:
- 来自Pyrococcus furiosus (PfAgo) 的阿尔戈诺特蛋白是一种多功能DNA导向核酶.
- 现有的病毒检测方法可以通过废水等环境样本中的抑制剂来限制.
研究的目的:
- 开发和验证一种使用PfAgo酶结合逆转录酶循环介导同热放大 (RT-LAMP) 的新型病毒检测试验.
- 评估测试对单核酸多态 (SNPs) 的特异性及其在废水样本中检测病毒的实用性.
主要方法:
- 将RT-LAMP与PfAgo核酶活性相结合的双测定被设计用于检测病毒安普利康.
- 该试验的性能被评估为SARS-CoV-2Delta变种检测使用SNP特定的探针.
- 该试验在废水中检测胡轻型斑点病毒 (PMMOV) 的能力是使用使用点设备来确定的.
主要成果:
- 在特定SNP存在时,RT-LAMP-PfAgo测定显示了SARS-CoV-2Delta变异的显著更高的光信号 (p < 0.001).
- 双重测试显示了PMMOV和SARS-CoV-2的特定光信号.
- 该试验显示出对环境抑制剂的稳定性,不需要样本稀释,在废水中检测PMMOV的检测极限为28gc/μL.
结论:
- RT-LAMP-PfAgo测定是一种便携式,SNP特定的双重检测方法.
- 这种测试提供了改进的病毒监测能力,特别是在废水监测中.
