在DM1小鼠模型中的差异表达和拼接变异的整合性蛋白质组学
Elizaveta M Solovyeva1, Stephan Utzinger2, Alexandra Vissières3
1Research Informatics, Biomedical Research at Novartis, Basel, Switzerland; V.L. Talrose Institute for Energy Problems of Chemical Physics, N.N. Semenov Federal Research Center for Chemical Physics, Russian Academy of Sciences, Moscow, Russia.
Molecular & cellular proteomics : MCP
|November 22, 2023
概括
不调节的mRNA拼接有助于诸如1型肌性衰竭 (DM1) 等疾病. 这项研究提出了一个可扩展的蛋白质基因组策略,以全面分析mRNA和蛋白质水平上的拼接变化,确定与疾病相关的新标.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
背景情况:
- 失调的mRNA拼接与许多疾病有关,包括癌症,神经退行性疾病和肌肉发育不良症,如1型肌性发育不良症 (DM1).
- 在转录基因和蛋白质基因层面对拼接变化的全面评估在方法上具有挑战性,通常将研究限制在少数基因上.
研究的目的:
- 与野生类型对照相比,在1型肌肉性发育不良症 (DM1) 鼠标模型 (HSALR) 中进行大规模,协调的转录和蛋白质组分析.
- 开发和验证一个强大的和可扩展的整合性蛋白质基因组战略,用于研究基于拼接的疾病.
主要方法:
- 利用整合性蛋白质基因组学方法,评估mRNA和蛋白质的基因和拼接水平.
- 在DM1模型和野生类型小鼠之间进行了大规模mRNA和蛋白质表达数据的比较分析.
- 根据发现,启用了对拼接特定的设计和向.
主要成果:
- 总结了DM1中已知的异常mRNA拼接事件,并确定了新的实例.
- 证实了异常拼接疾病相关基因 (例如Atp2a1,Bin1,Ryr1) 的翻译,并发现了新的基因 (Flnc,Ywhae).
- 在mRNA和蛋白质水平上,在疾病和野生类型状态之间的差异表达基因和拼接模式中证明了定量一致.
结论:
- 拟议的整合性蛋白质基因组战略为推进对基于拼接的疾病的理解提供了一个蓝图.
- 基于剪接的生物标志物候选者被确定为可访问的选择,可在mRNA和蛋白质水平上进行验证.
- 这种方法有助于全面了解由拼接失调驱动的疾病病原性.
