达尔伯吉亚的新转录组装Sissoo Roxb. (Fabaceae) 在Botryodiplodia theobromae诱导的死后疾病下
Ummul Buneen Zafar1,2, Muhammad Shahzaib1,2, Rana Muhammad Atif2,3
1Centre of Agricultural Biochemistry and Biotechnology, University of Agriculture, Faisalabad, Faisalabad, 38000, Punjab, Pakistan.
Scientific reports
|November 22, 2023
概括
这项研究使用了转录组组装来分析感染Botryodiplodia theobromae真菌的Shisham树. 它确定了关键的基因和标记物,以帮助管理Shisham死退病并改善树木繁殖.
科学领域:
- 植物病理学 植物病理学
- 分子生物学分子生物学
- 林业林业 林业 林业 林业
背景情况:
- 达尔伯吉亚sissoo (Shisham) 是一个重要的木材物种在印度次大陆.
- 由Botryodiplodia theobromae引起的Shisham死退病对其生存构成重大威胁.
研究的目的:
- 为了研究D. sissoo对B. theobromae感染的转录组反应.
- 为了确定关键的基因,标记物和涉及Shisham死后疾病的途径.
主要方法:
- 采用了一种标准的转录组组装方法.
- 从对照组中分离出RNA,并将感染的D. sissoo叶组织用于测序.
- 进行了生物信息分析,以确定Unigenes,SSR标记物,DEG和PRG.
主要成果:
- 识别了超过513,000个Unigenes,在多个数据库中进行了广泛的注释.
- 检测到62,863个简单序列重复 (SSR) 标记物和4,673个编码Unigenes的转录因子 (TF).
- 确定了16018个上调和19530个下调的差异表达基因 (DEG) 和9230个植物抗性基因 (PRG).
结论:
- 鉴定到的遗传资源为了解Shisham死退病提供了基础.
- 这些发现将有助于制定D. sissoo.的疾病管理,育种和整体树木改善计划的战略.
