结核菌基因组测序快照的实用性,以评估随时间推移的传播动态

科学领域:

• 流行病学 流行病学
• 基因组学就是基因组学.
• 传染病监测 传染病监测 传染病

背景情况:

• 了解结核病 (TB) 传播动态对于有效的公共卫生干预至关重要.
• 全基因组测序 (WGS) 提供了对病原体进化和传播的高分辨率洞察力.
• 哨兵监测站点可以提供有关疾病传播模式的局部数据.

研究的目的:

• 评估简要全基因组测序 (WGS) "快照"的实用性,以评估局部Mycobacterium结核病随时间的传播动态.
• 确定来自秘鲁利马的一个哨兵站的WGS数据是否准确地反映了当地结核病传播模式.
• 评估来自不同时间段和地理区域的结核病分离物之间的关系.

主要方法:

• 使用全基因组测序 (WGS) 对Mycobacterium结核病分离物的分析.
• 从2011-2012年和2020-2021年期间在定义的地理区域 (17-公里2) 内收集的分离物收集的WGS数据的比较.
• 统计分析以评估隔离物随时间推移和与外部集群相关的集群和相关性.

主要成果:

• 在两个WGS快照期间之间没有观察到集群率的显著差异 (2011-2012年为21%,2020-2021年为27%).
• 在这两个时期,显著比例的分离物与来自哨兵地点以外地区的菌株聚集在一起.
• 来自后期的隔离体显示出与早期发现的大型,先前存在的结核病集群存在不成比例的关系.

结论:

• 在一个单一的哨兵地点进行简短的WGS"快照"可能不是监测当地的Mycobacterium结核病传播动态的可靠方法.
• 随着时间的推移,大型传播集群的持久性是影响观察到的遗传相关性的重要因素.
• 监测已建立的结核病传播集群的演变和持久性可能提供比定期快照更有信息的监测方法.