使用权重基因共同表达网络分析,识别与果中的Colletotrichum siamense感染相关的基因模块和枢纽基因
Zongling Liu1,2, Zhengjie Zhu3, Yuanhe Huang4
1School of Basic Medical Sciences, Youjiang Medical University for Nationalities, Baise, 533000, China. zonglingl@163.com.
BMC genomics
|November 23, 2023
概括
研究人员使用WGCNA在果中发现了关键基因. 包括O-甲基转移酶和时钟控制蛋白6在内的特定基因因因其在真菌感染和毒性中的作用而被突出强调.
科学领域:
- 植物病理学 植物病理学
- 分子菌学 分子菌学.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 科莱托里 (Colletotrichum siamense) 是导致果炭病的一种重大疾病.
- 驱动C. siamense病原性的关键基因在很大程度上仍未被描述.
研究的目的:
- 使用转录基因数据识别参与C. siamense和果之间的相互作用的关键基因.
- 为了阐明C. siamense感染背后的分子机制.
主要方法:
- 从果-C. siamense相互作用的RNA-seq数据的权重基因同表达网络分析 (WGCNA).
- 基因本体学 (GO) 丰富分析以确定功能途径.
- 同源性搜索与病原体宿主相互作用 (PHI) 数据库对比.
- 在Nicotiana benthamiana中进行过渡表达测试以验证基因功能.
主要成果:
- 两种基因模块 (花和鱼) 与C. siamense感染有显著的关联.
- 丰富分析突出了与蛋白质合成和代谢过程相关的基因.
- 确定了O-甲基转移酶和时钟控制蛋白6的枢纽基因.
- 鉴定出了几种分泌的富含氨酸的蛋白质 (SCRPs),其中一种抑制BAX诱导的编程细胞死亡 (PCD).
- 一个果基因 (素诱导的15A类蛋白) 与五个SCRP正相关.
结论:
- 这项研究揭示了关键的基因和通路,这些基因和通路对C. siamense毒性和果人类病发育至关重要.
- 确定的SCRPs可能在抑制宿主防御方面发挥作用,促进真菌感染.
- 这些发现为了解C. siamense感染的死细胞转化阶段和制定控制策略提供了基础.
