在Drosophila melanogaster中对de novo转录的转换动态的量化和建模
Anna Grandchamp1, Peter Czuppon1, Erich Bornberg-Bauer1,2
1Institute for Evolution and Biodiversity, University of Münster, Münster, Germany.
Nucleic acids research
|November 24, 2023
概括
这项研究量化了Drosophila melanogaster中de novo转录的增益和损失率. 高周转率表明,经常探索新的基因组序列,影响新基因的诞生.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 进化生物学 进化生物学
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 细胞基因组主要由非编码转录组成.
- 新进化的de novo转录对于基因组创新至关重要.
- 了解物种内部的 de novo 转录循环率是有限的.
研究的目的:
- 为了估计一个物种内 de novo 转录获取和损失的速率.
- 在短时间内调查de novo转录的进化动态.
- 提供对新基因诞生的过程和时间范围的见解.
主要方法:
- 利用来自七个地理上多样化的Drosophila melanogaster样本的DNA长读数和RNA短读数.
- 采用一种进化模型来检测和量化 de novo 转录.
- 基于观察到的收益和损失频率计算的转录周转率.
主要成果:
- 每个样本中的个体都含有大约2500个未拼接的de novo转录.
- 大多数检测到的de novo转录是样本特定的.
- 估计的转录增益率为每年约0.15%,损失率为每年约5×10^-5.
结论:
- 高de novo转录周转率表明在物种内积极探索新的基因组序列.
- 这些转换率对于理解新基因出生动态至关重要.
- 该研究提供了关于非编码转录的进化可变性的重要定量数据.
