该SysteMHC Atlas v2.0是一个基于质谱的免疫组学的更新资源
Xiaoxiang Huang1, Ziao Gan1, Haowei Cui1
1State Key Laboratory of Microbial Metabolism, Joint International Research Laboratory of Metabolic & Developmental Sciences, School of Life Science & Biotechnology, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai 200240, China.
SysteMHC Atlas v2.0显著扩展了免疫组学数据,识别了超过100万种独特的,包括新型修饰. 这种资源加速了疫苗和免疫治疗的开发.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- SysteMHC Atlas v1.0 是第一个基于质谱的免疫组学数据库.
- 了解主要基因相容性复合体 (MHC) 结合的体对免疫学和免疫治疗至关重要.
研究的目的:
- 介绍SysteMHC Atlas v2.0,这是一个大大扩展了MHC免疫型学资源.
- 加强对MHC结合的鉴定,包括具有翻译后修饰 (PTM) 的.
- 为研究界提供新的计算工具和光谱库.
主要方法:
- 扩展和优化用于类鉴定的计算管道,包括意想不到的PTM.
- 将303个全型的7190个MS文件集成到SysteMHC Atlas v2.0.0中.
- 开发了新的计算工具,用于FDR估计,绑定亲和力预测和图案解卷.
主要成果:
- 确定了大约100万个 (MHC I类) 和110万个 (MHC II类) 独特的.
- 在60多种不同的PTM类型中发现了471K个修饰.
- 包括非UniProt,并增强了用户界面和网站框架.
结论:
- 系统MHC Atlas v2.0代表了免疫类药物数据可用性的重大进展.
- 该资源为免疫学和蛋白质组学社区提供了关键的见解.
- 通过全面的数据和工具,加速疫苗和免疫疗法的开发.
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