在Tannerella forsythia中独特的miRomics表达特征 - - 在牙周炎期间感染的下使用机器学习
Chairmandurai Aravindraja1, Syam Jeepipalli1, William Duncan2
1Department of Periodontology, College of Dentistry, University of Florida, Gainesville, FL 32610, USA.
International journal of molecular sciences
|November 25, 2023
概括
这项研究揭示了特定的microRNAs (miRNAs) 在感染T.forsythia的小鼠中发生变化,T.forsythia是一种与牙周炎有关的细菌. 这些发现突出了牙周炎进展的潜在miRNA生物标志物.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 牙周病学 牙周病学
背景情况:
- 牙周炎 (PD) 是一种涉及下细菌的多微生物疾病,如T.forsythia.
- 微RNAs (miRNAs) 是牙周组织恒温的关键调节者.
- 了解miRNA表达动态在PD病变发生过程中是必不可少的.
研究的目的:
- 在8周和16周的T.forsythia*感染的小鼠下中描述全球miRNA表达动力学.
- 为了确定与牙周炎进展相关的miRNA生物标志物.
- 探索特定的miRNA与全身性疾病之间的联系.
主要方法:
- 使用了高通量NanoString nCounter®miRNA表达面板.
- 在感染和假感染的小鼠下中对miRNA的差异表达 (DE) 分析.
- 机器学习算法 (XGBoost,随机森林) 用于预测生物标志物识别.
主要成果:
- 在受感染的下中,总共有115个miRNA被差异表达,其中99个是下调的.
- 特定的miRNAs (例如,miR-375,miR-200c) 在8周显著下调.
- 之前在人类牙周炎患者中报告了几种已识别的miRNA (例如miR-let-7c,miR-146a).
- 机器学习确定了miR-592-5p和miR-339-5p作为不同时间点感染的预测生物标志物.
结论:
- *T.forsythia*感染显著改变了小鼠下中的miRNA表达.
- 下调的miRNAs,如miR-375和miR-200c,与牙周炎的产生有关.
- 已识别的miRNA可能作为牙周炎的潜在生物标志物,可能与全身性疾病有关.
