目标长读序列识别和特征结构变异在遗传性血小板疾病的病例中

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 分子诊断学 分子诊断
• 血液学 血液学 血液学

背景情况:

• 遗传性血小板疾病 (IPD) 的诊断依赖于高通量测序 (HTS).
• 短读HTS方法可能无法完全描述IPD的复杂遗传原因.
• 结构变体 (SV) 往往很难与标准序列识别.

研究的目的:

• 评估纳米孔长读DNA测序用于IPD患者的SV特征.
• 在HTS未能确定遗传原因的情况下,评估纳米孔测序的实用性.
• 改进格兰兹曼血栓硬化 (GT) 和赫曼斯基-普德拉克综合征 (HPS) 的遗传诊断.

主要方法:

• 分析了四名IPD患者 (GT和HPS) 的DNA,使用HTS和纳米孔测序.
• 在针对性DNA丰富后,在MinION设备上利用纳米孔测序.
• 比较了HTS和纳米孔检测和表征结构变异的能力.

主要成果:

• 在GT患者中,纳米孔测序确定了ITGB3 (删除-反转-重复) 中的复杂SV,HTS.错过了.
• 在HPS患者中,纳米孔测序精确定义了SV长度和核酸水平断点.
• 在断点上确定了重复的元素,使家庭查能够进行特定的PCR.

结论:

• 纳米孔长读测序克服了IPDs的SV表征中的HTS限制.
• 在ITGB3,HPS5和HPS3中发现了新的遗传缺陷,使用纳米孔技术.
• 长读数测序是遗传性血小板疾病的宝贵额外诊断工具.