具有成本效益的Cas9-中介的脊髓小脑缩症目标测序重复扩张

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 分子诊断学 分子诊断学
• 神经学 神经学

背景情况:

• 遗传性重复性疾病,包括脊髓小脑动症 (SCA),源于扩展的短串联重复.
• 目前对SCA的遗传诊断涉及对已知的16种致病重复的每种病因进行昂贵的单独测试.
• 大规模并行测序提供了同时检测,但仍然昂贵.

研究的目的:

• 开发一种具有成本效益的方法,用于SCA重复的多重遗传测试.
• 使用Cas9介导的向长读测序与Flongle装置用于SCA诊断.

主要方法:

• 开发了Flongle SCA重复面板测序 (FLO-SCAp) 方法.
• 在Flongle平台上使用Cas9介导的目标长读序列.
• 分析了七名患者的重复拷贝数,内部序列和DNA甲基化.

主要成果:

• FLO-SCAp成功检测了重复复制数变化,内部序列和DNA甲基化.
• 覆盖率的中位数为39.5 (IQR:12-72),目标点击率的中位数为11.6% (IQR:7.5%-16.5%).
• 在FLO-SCAp和短读全基因组测序之间观察到高相关性 (r=0.98,P<0.001),重复长度 ≤250 bp.

结论:

• FLO-SCAp是一种非常具有成本效益的多重检测方法,用于重复扩散疾病.
• 这种方法可以作为脊髓大脑动症 (SCA) 的首要诊断工具.
• 在FLO-SCAp的研究中,FLO-SCAp为遗传性神经系统疾病进行基因诊断.