一种垂直传播的细菌性性菌生体及其近亲自由生活的亲属的比较基因组学
Salvador Espada-Hinojosa1, Clarissa Karthäuser2, Abhishek Srivastava1
1Department of Functional and Evolutionary Ecology, University of Vienna, Vienna, Austria.
异体生物Candidatus Thiobius zoothamnicola (Thiobius) 的基因组比其自由生活的亲属小了三分之一,由于宿主依赖,其代谢功能减少了. 这种细菌共生体很可能利用宿主提供的化合物作为营养.
科学领域:
- 海洋微生物学 海洋微生物学
- 共生研究是对共生的研究.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 在海洋环境中,性共生是很常见的.
- 虫虫 (Candidatus Thiobius zoothamnicola) (Thiobius) 是一个独特的虫虫 (Zoothamnium niveum) 独生独生生生体,以与其宿主一起可培养而闻名.
- 协生体的垂直传播往往与基因组缩小有关.
研究的目的:
- 为了研究垂直传播的细菌ectosymbiont的基因组缩小.
- 为了比较Thiobius的基因组和功能能力与一个自由生活的亲戚.
- 了解宿主依赖对共生体基因组进化的影响.
主要方法:
- 进行元基因组测序以获得Thiobius基因组.
- 一种密切相关的自由生存细菌 (Milos ODIII6) 的基因组测序.
- 比较基因组学分析基因含量,代谢途径和功能特征.
主要成果:
- 蒂奥比乌斯的基因组比其自由生活的亲属ODIII6.6小约三分之一.
- 与ODIII6.6相比,Thiobius具有较低的代谢能力.
- ODIII6具有更广泛的代谢功能,包括利用氧气,硫,和的获取,可能用于通风环境.
- 蒂奥比斯似乎适应了利用宿主衍生的化合物,如乳酸盐和酸盐.
结论:
- 严格的宿主依赖显著影响了细菌ectosymbiont基因组的进化.
- 在Thiobius中,基因组的缩小反映了适应稳定,由宿主提供的环境.
- 该研究提供了对共生对微生物基因组和宿主适应的进化后果的见解.
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