在宫癌中,HPV整合的Cis调节效应受到宿主染色体结构的约束

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 癌症生物学 癌症生物学
• 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.

背景情况:

• 人类乳头瘤病毒 (HPV) 感染是导致宫癌的主要原因.
• HPV DNA融入宿主基因组是常见的,但其对宿主基因的调控作用尚未完全理解.
• 综合HPVDNA对染色质结构和基因表达的cis-regulatory影响需要进一步研究.

研究的目的:

• 为了研究HPV整合的全基因组模式.
• 分析相关宿主基因表达变化与染色质状态和拓关联域 (TADs) 相比.
• 阐明HPV整合有助于瘤发生的机制.

主要方法:

• 对HPV融合部位的全基因组分析.
• 整合部位与宿主染色体状态和TADs的相关性.
• 基因表达分析 (RNA-seq).
• 在宫癌细胞系中采用染色体构成捕获技术 (Hi-C,4C-seq).

主要成果:

• HPV 整合在活跃的染色质区域中富含,在不活跃的染色质区域中耗尽.
• 围绕HPV整合的基因组区域表现出转录上调,主要是在同一个TAD内.
• 在过度表达 MYC,PVT1,TP63 和 ERBB2 等癌基因的 TAD 中发现了复发性 HPV 整合.
• 综合HPV和基因区域 (例如,MYC/PVT1) 之间观察到染色体循环相互作用,导致异位基因特异性的过度表达.

结论:

• HPV DNA 整合可以改变宿主染色质结构和基因调节.
• 综合性HPV可以通过局部和远程基因上调触发多式瘤激活.
• 这些机制有助于宫癌的进展.