基于在肺腺癌的多omics分析的低氧相关的基因特征的识别
Qineng Luo1, Xing Li1, Zixing Meng1
1School of Public Health, Health Science Center, Ningbo University, Ningbo, Zhejiang, P. R. China.
Journal of cellular and molecular medicine
|November 28, 2023
概括
缺氧显著影响肺腺癌 (LUAD) 的进展. 这项研究揭示了缺氧得分与预后不佳相关,并确定了关键的分子变化,有助于理解LUAD的发展.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 肺腺癌 (LUAD) 是癌症死亡的主要原因.
- 瘤微环境 (TME) 缺氧影响LUAD的进展.
- 对于LUAD缺氧的分子机制仍然不完全理解.
研究的目的:
- 用低氧基因得分来量化LUAD中的低氧水平.
- 为了确定与LUAD中缺氧相关的分子变化.
- 为LUAD开发一个多omics预后模型.
主要方法:
- 基于15个缺氧基因计算的缺氧得分.
- 在高低氧组之间进行了基因表达差异分析.
- 分析了基因突变和DNA甲基化模式.
- 使用25个多omics特征构建了一个预后模型.
主要成果:
- 高缺氧得分与预后不佳,晚期TNM阶段,较大的瘤大小,淋巴结参与,年龄和性别相关.
- 鉴定了1820个差异表达的基因;上调的基因涉及细胞分裂/增殖,下调的基因涉及毛.
- 在高低氧性LUAD中观察到更高的突变频率 (TP53,TTN,MUC16).
- 发现了1015个与神经生物学过程和细胞信号相关的不同甲基化探针相关基因.
- 开发了一种具有25个特征的多omics预后模型,具有很高的预测准确性 (1,3,5年AUC:0.863,0.826,0.846).
结论:
- 缺氧是LUAD进展和预后的一个关键因素.
- 缺氧会影响基因表达,突变格局和LUAD中的DNA甲基化.
- 开发的多omics模型提供了强大的LUAD生存预测.
