AptamerRunner:一种可访问的aptamer结构预测和聚类算法,用于可视化选择的aptamer
Dario Ruiz-Ciancio1,2,3, Suresh Veeramani4,5, Eric Embree6
1Instituto de Ciencias Biomédicas (ICBM), Facultad de Ciencias Médicas, Universidad Católica de Cuyo, Av. José Ignacio de la Roza 1516, Rivadavia, 5400, San Juan, Argentina.
bioRxiv : the preprint server for biology
|November 28, 2023
概括
AptamerRunner是一个新的算法,从下一代测序数据中对aptamer进行视觉分类. 这种工具有助于研究人员识别有希望的aptamer候选人进行实验验证.
科学领域:
- 生物技术是生物技术.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 体是特定的DNA/RNA配体,通过指数丰富的配体系统演化 (SELEX) 选择.
- 下一代测序 (NGS) 增强了aptamer发现,但在分析大型数据集方面存在挑战.
- 从NGS数据中识别高概率的候选aptamer需要先进的分析工具.
结论:
- 在现有的aptamer集群方法中,AptamerRunner提供了显著的进步.
- 它的用户友好设计和视觉数据集成简化了aptamer发现.
- 该算法对各种科学学科的aptamer研究具有广泛的影响.
