用全基因组序列数据监测阿尔卑斯山棕鱼种群的遗传多样性的新指标
Sara Kurland1,2, Atal Saha1,3, Naomi Keehnen1,4
1Division of Population Genetics, Department of Zoology, Stockholm University, Stockholm, Sweden.
Molecular ecology
|November 28, 2023
概括
瑞典棕鱼种群总体上显示稳定的遗传多样性,但北方湖泊面临下降. 全基因组测序突出了保持遗传多样性和野生种群适应潜力的连接性需求.
科学领域:
- 保护遗传学 保护遗传学
- 人口基因组学是人口的基因组学.
- 生态生态学 生态生态学
背景情况:
- 国际政策要求保持野生种群的遗传多样性,以实现适应潜力.
- 瑞典启动了一项国家计划,使用新的指标评估遗传多样性趋势.
- 全基因组测序 (WGS) 为监测遗传健康提供了先进的工具.
研究的目的:
- 系统评估40年来野生棕鱼遗传多样性的全基因组时间趋势.
- 评估新的遗传多样性指标和WGS对人口监测的有用性.
- 研究阿尔卑斯山湖群的适应动态和选择压力.
主要方法:
- 利用了8个高山湖的棕鱼 (Salmo trutta) 的综合和个人WGS数据.
- 应用新采用的指标来分析核酸多样性的时间趋势,沃特森的 Θ 和异构性.
- 评估了当地有效种群规模,近亲繁殖 (FROH),并确定了选择的签名.
主要成果:
- 在8个湖泊中,有6个湖泊显示基因多样性趋势在可接受的值内,但北方湖泊表现出持续的低值和下降.
- 在所有湖泊中观察到较低的当地有效人口规模,强调需要遗传连接.
- 亲生繁殖水平在10%-30%之间,主要是古代的同卵性,突变负载的变化最小.
- 在所有湖泊和与生殖和免疫相关的独特选择候选人中确定了皮肤色素基因的并行选择.
结论:
- 世界遗传系统是一个强大的工具,用于系统监测自然种群,以保护遗传多样性.
- 连接系统的持续保护对于保持遗传连接性和长期可行性至关重要.
- 特定种群,特别是北部高海拔湖泊中的种群,需要有针对性的保护工作.
