从1993年到2019年在加拿大阿尔伯塔省的Streptococcus pneumoniae血清组20个分离物的基因组分析
Ashley N Williams1,2, Angela Ma1,3, Matthew A Croxen1,2,4,5
1Department of Laboratory Medicine and Pathology, University of Alberta, 5-411 Edmonton Clinic Health Academy, Edmonton, Alberta, T6G 1C9 Canada.
Microbial genomics
|November 28, 2023
概括
由Streptococcus pneumoniae血清组20引起的侵入性疾病正在加拿大阿尔伯塔省上升. 这项研究分析了分离物,揭示了遗传特征和耐药性模式,为这种新兴的公共卫生问题提供了全球背景.
科学领域:
- 微生物学与传染病的研究
- 基因组学和分子流行病学
- 公共卫生监督 公共卫生监督
背景情况:
- 在加拿大阿尔伯塔省观察到由*Streptococcus pneumoniae*血清组20 (血清型20A/20B) 引起的侵袭性疾病的发病率增加.
- 需要对这些分离物进行详细的表征,以了解流行病学和遗传学趋势.
- 对20血清组侵入性肺炎球菌病的全球背景的理解有限.
研究的目的:
- 描述来自加拿大阿尔伯塔省 (1993-2019) 的侵袭性 * 肺炎菌 Streptococcus pneumoniae * 血清组20个分离物的特征.
- 将阿尔伯塔分离物与来自全球肺炎球菌测序 (GPS) 项目 (1998-2015) 的侵袭性和非侵袭性血清组20分离物进行比较.
- 调查临床元数据,地理分布,基因组特征,毒性因子和抗菌素耐药性概况.
主要方法:
- 274个侵袭性阿尔伯塔血清组20个分离物和95个GPS项目分离物的全基因组测序.
- 分子序列类型 (MLST),遗传学分析和泛基因组计算.
- 挖掘毒性和抗菌素耐药性基因;评估临床元数据和地理数据.
主要成果:
- 大多数侵袭性阿尔伯塔血清组20个分离物在2007年后被发现,主要在中年成年人中,并被类型为ST235.
- 大多数阿尔伯塔分离物具有全长的*whaF*囊基因,表明血清型是20B;所有分离物都携带了诺基诺和宏类的耐药性决定因素.
- 阿尔伯塔州的分离物种在遗传学上与来自美国,以色列,巴西和尼泊尔的侵入性GPS项目分离物种聚集在一起,表明全球联系.
结论:
- 突出了加拿大阿尔伯塔省侵袭性*Streptococcus pneumoniae*血清组20疾病的发病率日益增加.
- 提供了这些新兴分离物的遗传构成,毒性潜力和抗菌耐药性的见解.
- 通过遗传学分析为阿尔伯塔省的血清组20个侵入性肺炎球菌病例建立了全球背景.
