使用纳米孔测序实地检测细菌:对复杂样本中生物威胁检测方法的评估
Andrea D Tyler1, Jane McAllister2, Helen Stapleton3
1National Microbiology Laboratory, Public Health Agency of Canada, Winnipeg, Manitoba, Canada.
PloS one
|November 28, 2023
概括
牛津纳米孔技术的MinION设备显示出对基于现场的病原体检测的前景. 虽然有效,但仔细考虑样本准备和数据分析对于在现实场景中准确的结果至关重要.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 牛津纳米孔技术 (ONT) MinION为微生物学应用提供了可移植性和实时分析.
- 它在公正的病原体检测中的实用性对于安全和现场调查是有价值的.
研究的目的:
- 评估不同分析方法对MiniON测序结果在现场环境中的影响.
- 为了比较各种方法在复杂样本中检测病原体的能力.
主要方法:
- 多中心评估涉及三个专家科学响应小组.
- 使用快速和/或快速PCR套件进行独立的样本制备.
- 使用ONT的WIMP和内部计算管道进行序列数据分析.
主要成果:
- 所有参与小组都成功检测到了所有目标物种,尽管有些物种的丰度很低 (<1%).
- 观察到的微生物群落组成与输入不同,快速套件显示的扭曲较小.
- 序列输出在不同组之间有很大的差异,受计算资源和连接性的影响.
结论:
- 当由经过培训的专家和有足够的资源使用时,MinION是混合样本中基于现场的病原体检测的有用工具.
- 迅速,公正检测的好处与样本准备和数据分析的复杂性之间的平衡至关重要.
- 需要进一步考虑优化在现场设置中使用MinION测序进行无偏的病原体识别.
