通过非编码CRISPR屏幕对MLL-r白血病HOXA9下游点的系统表征
Shaela Wright1, Xujie Zhao2,3, Wojciech Rosikiewicz4
1Department of Tumor Cell Biology, St. Jude Children's Research Hospital, 262 Danny Thomas Place, Memphis, TN, 38105, USA.
Nature communications
|November 28, 2023
概括
HOXA9 (homeobox A9) 通过调节非编码DNA来控制白血病. 向HOXA9结合的部位减少了基因转录,并损害了癌细胞的生长,揭示了MLL重组型白血病的新治疗策略.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 遗传学 是一个遗传学.
- 癌症研究 癌症研究
背景情况:
- HOXA9失调对白血病的发展和维持至关重要.
- 对于HOXA9与非编码DNA结合并调节基因的精确机制,尚不完全了解.
研究的目的:
- 识别和描述由HOXA9.9控制的非编码监管元素.
- 在白血病中阐明HOXA9与这些元素结合的功能后果.
主要方法:
- 退出CRISPR屏幕的目标是通过ChIP-seq.识别的HOXA9-bound区域.
- Cas9编辑和dCas9-KRAB对已识别的非编码站点进行沉默.
- RNA-seq,Q-PCR,染色质可访问性和染色质构成测定.
- 在体外细胞增殖试验和体内移植到NSG小鼠中.
主要成果:
- 确定可复制的非编码HOXA9目标,包括FLT3和CDK6.6附近的监管元素.
- 沉默HOXA9结合部位显著降低了目标基因转录.
- 损害了白血病细胞增殖在体外和体内.
- 发现了HOXA9及其下游基因的非编码调节机制.
结论:
- HOXA9利用特定的非编码调节序列来控制白血病关键的下游基因表达.
- 这些发现增强了对MLL重组白血病中HOXA9驱动的转录程序的理解.
- 针对HOXA9结合的非编码元素是一个潜在的治疗策略.
