通过整合微阵列和单细胞RNA测序数据来识别氏巨细胞瘤的潜在诊断生物标志物
Chen Chen1, Linli Zheng2, Gang Zeng1
1Department of Orthopedics, Sun Yat-Sen Memorial Hospital, Sun Yat-Sen University, Yingfeng Road, 33rd, Haizhu District, Guangzhou, 510000, Guangdong Province, China.
Journal of orthopaedic surgery and research
|November 29, 2023
概括
紧缩性巨细胞瘤 (TGCT) 的特征是大量的骨质细胞. 研究人员确定了三个骨质细胞特异性基因 (MMP9,SPP1,TYROBP) 作为TGCT的潜在诊断生物标志物.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 生物标志物发现发现
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 紧突巨细胞瘤 (TGCT) 是突的良性瘤扩散.
- 非典型的症状和成像特征可能导致TGCT的误诊.
研究的目的:
- 确定TGCT诊断的敏感和特定生物标志物.
- 研究骨质细胞在TGCT病变发生中的作用.
主要方法:
- 整合了两个单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 数据集和两个微阵列数据集.
- 分析了差异表达基因 (DEGs),并进行了基因本体学 (GO) 和基因和基因组 (KEGG) 路径丰富的京都百科全书.
- 使用LASSO回归识别了骨质细胞特定的上调基因 (OCSURG).
- 验证了OCSURG表达和进行的蛋白质与蛋白质相互作用 (PPI) 网络分析.
主要成果:
- 与对照人群相比,TGCT样本显示骨质细胞群的数量显著增加.
- 确定了三个OCSURG:MMP9,SPP1和TYROBP.
- 确定的OCSURG在ROC曲线分析中表现出有利的诊断能力.
- 对已识别的OCSURG进行预测的潜在药物目标.
结论:
- 在TGCT中,MMP9,SPP1和TYROBP被验证为骨质细胞特异的上调基因.
- 这些基因有望成为TGCT的诊断生物标志物.
- 已识别的OCSURG代表了TGCT的潜在治疗点.
