通过虚拟查和MD模拟研究,寻找SARS-CoV-2主蛋白酶 (Mpro) 的潜在抑制剂
N Anis Ahamed1, Ibrahim A Arif1
1Department of Botany and Microbiology, College of Science, King Saud University, P.O. Box 2455, Riyadh 11451, Saudi Arabia.
Saudi journal of biological sciences
|November 29, 2023
概括
计算方法确定了两个潜在的抑制剂,CHEMBL2371668和CHEMBL1090395,针对SARS-CoV-2主蛋白酶 (Mpro) 来对抗COVID-19. 建议进行进一步的实验验证.
科学领域:
- 计算机化药物发现.
- 分子建模分子建模
- 病毒学 病毒学
背景情况:
- SARS-CoV-2 导致COVID-19,这是一个具有高死亡率的全球健康危机.
- 确定主要蛋白酶 (Mpro) 等病毒标的抑制剂对于治疗开发至关重要.
研究的目的:
- 以计算方式选ChEMBL数据库中抑制SARS-CoV-2主蛋白酶 (Mpro) 的小分子.
- 为了识别和描述COVID-19治疗的潜在候选药物.
主要方法:
- 来自ChEMBL数据库的1900多万种化合物的虚拟查针对SARS-CoV-2 Mpro.
- 应用利宾斯基规则,Qikprop,虚拟选,诱导适应对接 (IFD),MM-GBSA和分子动力学 (MD) 模拟,使用施罗丁格和德斯蒙德软件.
- 分析与关键Mpro残留物 (His41,Cys145) 的结合相互作用,并通过RMSD值评估复合稳定性.
主要成果:
- 两种化合物CHEMBL2371668和CHEMBL1090395显示出与Mpro.的高结合亲和力 (-12.6和-12.0 kcal/mol).
- 这些化合物与关键活性部位残留物相互作用,包括His41和Cys145.5.
- MD模拟证实了Mpro-ligand复合物的稳定性.
结论:
- CHEMBL2371668和CHEMBL1090395是抑制SARS-CoV-2 Mpro活动的有希望的候选者.
- 这些已识别的分子需要通过实验研究进一步调查潜在的COVID-19治疗应用.
