生物导体工作流用于处理,评估和解释表达式蛋白质组学数据

科学领域:

• 蛋白质组学是指蛋白质组学.
• 生物信息学是一种生物信息学.
• 计算生物学 计算生物学

背景情况:

• 表达蛋白质组学在全球范围内评估蛋白质的丰度.
• 不同表达分析识别了系统干扰后的蛋白质变化.
• 定量质谱是现代蛋白质组学的关键.

研究的目的:

• 为定量蛋白质组学数据分析提供全面,逐步的工作流程.
• 通过使用开源R包引导用户进行处理,分析和解释.
• 使用HEK293细胞处理数据以实践示例来演示工作流.

主要方法:

• 使用了来自生物导体的开源R软件包.
• 开发了一种基于定量质谱的表达蛋白质学的工作流程.
• 将工作流应用于标记细胞蛋白质的双重质量标签 (TMT) 和分泌蛋白质的无标签量化 (LFQ).
• 包括数据导入,预处理,质量控制,统计差异表达分析和基因本体学丰富分析.

主要成果:

• 工作流详细介绍了TMT和LFQ数据集的软件基础设施,数据导入,预处理和质量控制.
• 通过基因本体学丰富证明了统计差异表达分析和解释.
• 成功地将工作流应用于来自HEK293细胞的实验数据.

结论:

• 介绍了表达蛋白质组学数据分析的全面和可访问的工作流.
• 工作流是蛋白质组学社区的宝贵资源,特别是熟悉R的初学者.
• 允许用户在蛋白质组学分析中根据数据做出决策.