在广泛的废水监测计划中PCR标准曲线量化:来自荷兰SARS-CoV-2废水监测结果
Erwin Nagelkerke1, Wouter A Hetebrij1, Jaap M Koelewijn1
1Centre for Infectious Disease Control, National Institute for Public Health and the Environment (RIVM), Bilthoven, Netherlands.
Frontiers in public health
|November 29, 2023
概括
使用定量逆转录PCR (RT-qPCR) 的废水监测需要仔细管理标准曲线. 使用五天的数据可以最大限度地减少错误,确保可靠的传染病监测.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 分子诊断学 分子诊断学
- 公共卫生监督是对公共卫生的监督.
背景情况:
- 废水监测是监测COVID-19等传染病的成本效益高的方法.
- 量化逆转录PCR (RT-qPCR) 是常用的,它依赖于标准曲线来准确量化病毒载量.
- 结合多次RT-qPCR运行的数据可以降低成本,但可能会随着时间的推移引入标准曲线的系统性转移,影响数据可靠性.
研究的目的:
- 确定结合RT-qPCR标准曲线数据的最佳方法.
- 为了弥补废水监测中的运行到运行测量差异.
- 确保在捕捉病毒载量的系统纵向变化方面具有灵活性.
主要方法:
- 使用CDC N1和N2测定对4000多个观察结果的分析.
- 来自荷兰国家污水监测计划的标准曲线数据的评估.
- 评估RT-qPCR效率和敏感性的季节性和长期变化.
主要成果:
- 观察到RT-qPCR效率和灵敏度的季节性和长期变化.
- 使用五天的标准曲线数据提供了最准确的量化.
- 在全国范围的计划中平均计算,这种方法导致量化病毒载量的差异高达100%.
结论:
- 从有限的运行集中结合标准曲线是一个有效的量化方法.
- 这种方法可以保持数据的准确性,而不会掩盖重要的病毒载荷趋势.
- 优化标准曲线数据管理对于废水监测计划的可靠性至关重要.
