在药物基因组学中使用牛津纳米孔技术 (Oxford Nanopore Technologies) 适应性采样进行向性哈普洛型化

科学领域:

• 基因组学和生物信息学
• 临床药理学 临床药理学
• 分子诊断学 分子诊断

背景情况:

• 药物基因组学 (PGx) 将遗传变异与药物反应联系起来,以实现个性化剂量.
• 目前的PGx平台 (微阵列,PCR,短读序列) 在识别结构变异和分阶段的单元型中存在局限性,用于星-基因组分配.
• 准确的恒星基因基因分配对于精确的PGx解释至关重要.

研究的目的:

• 评估牛津纳米孔技术针对PGx基因丰富的适应性采样.
• 在PGx中使用纳米孔测序来评估变体和恒星等位基因调用的准确性.
• 确定多重复合样本的可行性,以增加临床PGx环境中的吞吐量.

主要方法:

• 在牛津纳米孔技术平台上使用自适应采样丰富1,036个药物基因组学相关基因.
• 变异和星基因基因调用5个"瓶中的基因组"参考样本.
• 在PromethION流电池上使用多重样本进行性能评估.

主要成果:

• 对变异和恒星等位基调调用现有真实集的高一致性.
• 对于目标变种,实现了99.35%的回忆率和99.84%的精度.
• 在没有显著的性能下降的情况下,证明了多重复合最多三个样本.

结论:

• 使用适应性采样进行纳米孔测序对于PGx变体和恒星基因鉴定是准确的.
• 这种方法克服了当前平台的局限性,可以检测结构变体和明确的分阶段.
• 该方法适用于临床PGx应用,推进个性化医疗.