对来自肠道殖民的Enterococcus faecium和来自尿路感染的Enterococcus faecium的基因组和转录组分析
Ge Huang1,2, Yizheng Zhou2, Hai Cheng2
1Department of Clinical Laboratory Center, Central Hospital of Enshi Tujia and Miao Autonomous Prefecture, Enshi, China.
Frontiers in microbiology
|November 29, 2023
概括
导致尿路感染的Enterococcus faecium与非致病菌株相比,显示出明显的基因组和转录组差异. 代谢基因调节是病原体生存和内源性感染发展的关键.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 传染性疾病 传染性疾病
背景情况:
- 菌 (Enterococcus faecium) 是尿路感染 (UTI) 的常见原因之一.
- 这种病原体可以广泛殖民肠道.
- 区分殖民和感染对于理解病变发生至关重要.
研究的目的:
- 调查导致尿路感染的E. faecium和仅殖民肠道的E. faecium之间的基因组和转录组差异.
- 为了确定潜在的内源性E. faecium感染的分子机制.
主要方法:
- 利用脉冲场凝电泳 (PFGE) 和全基因组测序 (WGS) 来分类分离物.
- 进行了全基因组关联研究 (Scoary GWAS) 仅对殖民和感染隔离物进行.
- 在尿液暴露3小时后分析转录组,以评估基因表达变化.
主要成果:
- 在引起尿路感染的E. faecium.中确定了富含碳和代谢基因,包括转化酶 (PTS) 系统.
- 转录组分析揭示了PTS系统,氨酸合成,银河糖代谢和酸盐进口中的显著差异性基因表达.
- 在两组之间观察到碳代谢和氨基酸基因的明显表达模式.
结论:
- 代谢多样性,特别是碳代谢和氨基酸途径,是E. faecium分离物引起内源性感染的重要策略.
- 特定的碳调节基因在内源性尿路感染期间在E. faecium的殖民和生存中发挥着关键作用.
