评估宿主-参考基因表达的稳定性,同时量化虫负担和宿主免疫反应在小鼠疟疾
Daniel J Browne1, Ashton M Kelly1,2, Jamie Brady1
1Centre for Molecular Therapeutics, Australian Institute of Tropical Health and Medicine, James Cook University, Cairns, QLD, 4870, Australia.
Scientific reports
|November 29, 2023
概括
评估参考基因稳定性对于疟疾疫苗研究至关重要. 在Plasmodium挑战研究中,酸脱酶 (SDHA) 和TATA结合蛋白 (TBP) 被确定为RTqPCR分析的可靠基因.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 寄生虫学的寄生虫学
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 在小鼠的疟疾疫苗疗效研究中使用RTqPCR测量寄生虫负担.
- 为了准确量化,RTqPCR依赖于稳定的参考基因.
- 在受到Plasmodium挑战和免疫接种后,宿主参考基因的稳定性尚不清楚.
研究的目的:
- 系统地评估常见RTqPCR参考基因在Plasmodium yoelii sporozoite挑战和免疫的小鼠模型中的稳定性.
- 在疟疾疫苗疗效研究中确定可靠的参考基因以使RTqPCR数据正常化.
- 开发一种标准化的RTqPCR协议,用于同时分析寄生虫负担和宿主免疫反应.
主要方法:
- 在接受Plasmodium yoelii挑战和DNA-腺病毒免疫接种的小鼠中评估了十二个候选RTqPCR参考基因的表达稳定性.
- 利用单向ANOVA和Bonferroni纠正多重比较测试来识别基因表达的显著变化.
- 使用RefFinder包来确定数据规范化最稳定的参考基因.
主要成果:
- 在12个评估的基因中,有6个基因表达发生了显著的变化,这是由于Plasmodium挑战或免疫.
- 鉴定出酸脱酶 (SDHA) 和TATA结合蛋白 (TBP) 是最稳定的参考基因.
- 通过使用SDHA和TBP来改进量化,定义了一个强大的"部分保护"值.
结论:
- SDHA和TBP是可靠的宿主参考基因,用于在Plasmodium sporozoite挑战模型中进行RTqPCR分析.
- 使用经过验证的参考基因的标准化RTqPCR协议将提高疟疾疫苗疗效研究的一致性和可比性.
- 这项研究为更准确地评估疟疾疫苗候选人提供了基础.
