从乌克兰患者中收集的blaOXA-48携带等离子体和小型非AMR编码等离子体的表征
Vincent F van Almsick1,2, Annika Sobkowiak3,4, Natalie Scherff3
1Institute of Hygiene, University Hospital Münster, Robert-Koch-Straße 41, Münster, Germany. vincentfrederic.vanalmsick@ukmuenster.de.
Infection
|November 29, 2023
概括
长期阅读的全基因组测序揭示了近期接受乌克兰医疗治疗的患者的碳酶生成肠杆菌 (CPE) 中类似的等离子体,而不是核心基因组相似性,这表明了一种新的监测方法.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 流行病学 流行病学
背景情况:
- 生产碳酶的肠道细菌 (CPE) 是一个全球性的医疗威胁,其传播途径通常是未知的.
- 观察到blaOXA-48携带CPE的增加,与乌克兰先前接受过医疗治疗的患者有关.
研究的目的:
- 通过使用长读全基因组测序 (lrWGS) 来表征含有blaOXA-48的CPE分离物.
- 调查这些隔离物中潜在的传播途径和等离子体多样性.
主要方法:
- 来自多药耐药细菌 (MDRB) 的临床样本使用irrWGS进行了测序.
- 进行了抗微生物敏感性测试,基因定型,AMR基因鉴定和等离子体表征.
主要成果:
- 核心基因组多部位序列类型化 (cgMLST) 显示,隔离物之间没有遗传相似性.
- 在乌克兰病史患者的肠道细菌中发现了等离子体多样性的意想不到的高相似性.
- 确定了一种携带blaOXA-48的Incl/M等离子体以及其他非AMR等离子体.
结论:
- lrWGS可以识别等离子体的相似性,有助于理解CPE的潜在流行病学关联.
- 分析AMR和非AMR等离子体为CPE分子监测提供了一个增强的层.
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