通过光学基因组映射和纳米孔序列测序检测到导致林奇综合征的39kb结构变异

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 癌症遗传学 癌症遗传学
• 分子诊断学 分子诊断学

背景情况:

• 林奇综合征 (LS) 是一种遗传性疾病,增加癌症风险,特别是结直肠和子宫内膜癌.
• 对LS的遗传检测依赖于在不匹配修复 (MMR) 基因中识别致病性生殖系变异.
• 标准基因检测可以错过某些复杂的变异,使LS诊断复杂化.

研究的目的:

• 在怀疑MSH2变异的家庭中调查LS的原因,其中标准遗传测试是负面的.
• 为了确定林奇综合征背后的新型遗传机制.
• 评估用于诊断LS的先进基因组技术.

主要方法:

• 免疫组织化学 (IHC) 和微卫星不稳定性 (MSI) 分析.
• 有针对性的外子序列和多重结合依赖探头放大 (MLPA).
• 生物纳米光学基因组映射和牛津纳米孔MINION全基因组测序.

主要成果:

• IHC和MSI建议一种致病性MSH2变种,但测序和MLPA是负的.
• 生物纳米光学基因组映射确定了MSH2基因中的39kb插入.
• 这种插入在多个家庭中得到证实,这表明挪威的创始人效应.

结论:

• 结构变异,如插入,可以导致林奇综合征,并且可能会被标准遗传检测遗漏.
• 像光学基因组映射这样的先进基因组技术对于在传统方法失败时诊断LS至关重要.
• 实施结构变异检测可以改善遗传性癌症综合征的诊断产量.