转录组分析揭示了核心lncRNA-mRNA网络,调节了Patinopecten yessoensis贝中受Polydora感染的黑色化和生物矿物化
Yiying Wang1, Junxia Mao2, Zhiyue Fan1
1Key Laboratory of Mariculture & Stock Enhancement in North China's Sea, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Dalian Ocean University, Dalian, China.
BMC genomics
|November 29, 2023
概括
研究人员在对波利多拉菌感染的贝中发现了新的长非编码RNA (lncRNAs). 这些lncRNAs对于黑色化和生物矿物化至关重要,为Patinopecten yessoensis的疾病抵抗提供了洞察力.
科学领域:
- 海洋生物学 海洋生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 帕蒂诺佩克 (Patinopecten yessoensis) 是亚洲一个有价值的水产养殖贝类.
- 波利多拉病爆发严重影响了P. yessoensis水产养殖.
- 贝对波利多拉菌感染的反应的分子机制,特别是涉及长非编码RNA (lncRNAs),尚不清楚.
研究的目的:
- 在P. yessoensis.中识别和描述lncRNAs.
- 为了研究 lncRNAs 在贝对波利多拉感染的反应中的作用.
- 阐明疾病耐药性的基础分子调节机制.
主要方法:
- 在健康和感染的P. yessoensis地幔上使用RNA测序进行高通量转录组分析.
- 鉴定和基因组特征 lncRNAs 和差异表达基因 (DEGs).
- 共同定位和共同表达分析以确定 lncRNA 目标,然后进行功能丰富和网络构建.
主要成果:
- 确定了19133个lncRNA (2,203个已知,16930个新型).
- 在受感染的海中检测到2,280个DEG和1,636个差异表达的lncRNA (DEL).
- 上调的DEG参与了黑色化和生物矿物化,在受感染的海中观察到黑色素的增加. 确定了DELs准的关键基因,并构建了一个lncRNA-mRNA网络.
结论:
- 这项研究为贝 lncRNA研究提供了宝贵的资源.
- 它为P. yessoensis防御Polydora感染的分子机制提供了新的见解.
- 这些发现有助于控制波利多拉病并培育抗病的软体动物品种.
