从美国马匹获得的23种马匹阿尔法赫尔佩斯病毒1分离体的家族基因学评估
Ugochi Emelogu1, Andrew C Lewin2, Udeni B R Balasuriya3
1Veterinary Clinical Sciences, School of Veterinary Medicine, Department of Veterinary Clinical Sciences, Louisiana State University, Baton Rouge, LA, 70803, USA.
Virology journal
|November 30, 2023
概括
来自美国宿主的马类疹病毒1 (EHV-1) 基因组与全球菌株具有遗传相似性. 该研究发现,重组会促进EHV-1的多样性,在生殖疾病病例中很少出现特定的神经突变.
科学领域:
- 兽医病毒学 兽医病毒学
- 马类传染病 马类传染病
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 马类疹病毒1 (EHV-1) 是家用马的重要病原体,在全球引起严重的生殖,呼吸和神经系统疾病.
- 有限的基因组数据存在于美国自然感染马的EHV-1分离物.
- 在ORF 30 (DNA聚合酶) 中的一种特定突变,A2254G,已与神经学EHV-1疾病有关.
研究的目的:
- 对来自美国马匹的EHV-1分离物进行全面的基因组学分析.
- 为了比较这些美国分离的基因构成与现有的全球EHV-1序列.
- 调查美国EHV-1多样性和疾病关联的遗传基础.
主要方法:
- 从23只自然感染的经历生殖或神经疾病的美国马匹中分离和测序EHV-1.
- 使用Illumina MiSeq和基于参考的组装进行全基因组测序.
- 基因组学分析包括114个先前测序的全球EHV-1分离物.
主要成果:
- 最近测序的美国EHV-1分离物表现出彼此和全球菌株之间的最小基因组距离,地理来源影响了类结构.
- 在美国的单独样本中,发现了同义和非同义的显著核酸替代.
- 以前相关的ORF 30 A2254G神经突变是罕见的;相反,独特的ORF 30替代物在美国孤立群体中很常见,主要来自生殖病例.
- 在大多数 (22/23) 新测序的美国EHV-1分离物中,重组是普遍的特征.
结论:
- 美国EHV-1分离物与全球菌株具有广泛的基因组相似性.
- 在美国的分离物中,很少发现ORF 30 A2254G突变,特别是与生殖系统疾病相关的.
- 美国EHV-1分离物的基因组多样性受到重组事件的显著影响.
