探索网 (ExplORRNet):一个交互式网络工具,用于探索分阶段的miRNA表达特征及其与人类乳腺癌和妇科癌症中mRNA和lncRNA的相互作用

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 生物信息学是一种生物信息学.
• 癌症研究 癌症研究

背景情况:

• 微RNAs (miRNAs) 是关键的基因调节者,涉及妇科和乳腺癌.
• 了解不同阶段的miRNA表达和相互作用对于改善癌症诊断和治疗至关重要.
• 缺乏全面的网络工具阻碍了用于癌症研究的多omics数据的整合.

研究的目的:

• 开发一个用户友好的网络工具,ExplORRNet,用于分析癌症中的miRNA,mRNA和lncRNA表达.
• 整合多样化的转录和miRNA数据集,用于全面的癌症分析.
• 促进对妇科和乳腺癌的监管网络和分子驱动因素的识别.

主要方法:

• 在使用Shiny R包开发了ExplORRNet.
• 整合了癌症基因组图谱 (TCGA) 的转录组数据与基因表达总量 (GEO) 的miRNA数据.
• 对miRNA-mRNA-lncRNA相互作用进行了差异表达,基因丰富,生存和网络分析.

主要成果:

• 在妇科和乳腺癌中鉴定了根据癌症阶段不同调节的miRNA,mRNA和lncRNA.
• 通过生存分析,将特定的miRNA与患者的生存相关联.
• 突出了通过miRNA-mRNA-lncRNA网络驱动癌症进展的相互连接的调节分子模块.

结论:

• ExplORRNet提供了一个直观的平台,以了解妇科和乳腺癌中的miRNA失调.
• 该工具帮助研究人员探索癌症基因组学数据,用于精确瘤学.
• 在https://mirna.cs.ut.ee可以访问ExplORRNet,使癌症研究社区受益.