在小麦 (Triticum spp) 中进行全基因组微卫星的识别,用于绘制地图,遗传多样性和交叉可转移性
Vikas Fandade1, Pradeep Singh2, Dalwinder Singh3
1Agri-Food Biotechnology Division, National Agri-Food Biotechnology Institute, Mohali-140306, Punjab, India; Regional Centre for Biotechnology, NCR Biotech Science Cluster, 3rd Milestone, Faridabad-Gurgaon Expressway, Faridabad, Haryana 121001, India.
Gene
|November 30, 2023
概括
这项研究引入了一种具有成本效益的in-silico方法,使用转录组测序来识别小麦 (Triticum aestivum L.) 中的多态简单序列重复 (SSR) 标记物. 这些标记物对于基因绘制和改进小麦育种计划至关重要.
科学领域:
- * 农业科学 农业科学
- * 遗传学 遗传学是一门学科
- * 分子生物学 * 分子生物学
背景情况:
- *小麦 (Triticum aestivum L.) 繁殖面临着由于其复杂的六倍体基因组的挑战,阻碍了有效分子标记物的发展.
- * 虽然简单序列重复 (SSR) 和单核酸多态 (SNP) 标记器有助于繁殖,但SNP的开发是昂贵的,并且转换为繁殖者友好的标记器是困难的.
- * 现有的用于在小麦中识别多态SSR的方法通常是低效的,成功率很低.
研究的目的:
- * 开发一种具有成本效益的in-silico策略,使用转录组测序来识别小麦中的多态SSR标记物.
- * 建立一个强大的标记系统,用于在重组杂交线 (RIL) 种群中进行遗传映射.
- * 评估已识别的SSRs对遗传多样性分析和小麦亲属的交叉转移性的有用性.
主要方法:
- * 采用了两个家长小麦系 ("TAC 75"和"WH 1105") 的低成本转录基因组测序,用于体分析.
- *使用IWGSC CS RefSeq v2.1组件在全基因组中识别和映射SSR.
- *通过对RIL种群的查,印度小麦基因型的遗传多样性分析和交叉可转移性测试,验证了多态SSR.
主要成果:
- *确定了189个多态SSR位点,54.76%的SSR位点表现为父系之间的多态,超过了传统的成功率.
- *在RIL人群中使用千平方测试验证实标志性健身.
- *使用38个标记物对37种印度小麦基因型的多样性分析显示了大量的遗传变异 (95个等位基因,2.5个等位基因/位点) 并确定了三个不同的种群群体.
结论:
- * 体转录组测序方法是一种精确,经济有效,劳动密集度较低的方法,用于识别小麦中的多态SSR.
- *开发的SSR标记物适用于基因绘制,并为评估小麦的遗传多样性提供了有价值的工具.
- * 这一策略克服了小麦复杂基因组的挑战,为推进小麦育种研究提供了一个平台.
