核心基因组多部位序列类型化用于中国Mycobacterium结核病菌株的基因类型的性能评价:基于多中心,基于人口的收集
Zhuo Quan1, Meng Li1, Yiwang Chen1
1Shanghai Institute of Infectious Disease and Biosecurity, Key Laboratory of Medical Molecular Virology (MOE/NHC/CAMS), School of Basic Medical Science, Fudan University, 131 Dongan Road, Shanghai, 200032, China.
概括
核心基因组多部位序列类型化 (cgMLST) 有效地基因型化了Mycobacterium结核病菌株,显示了与全基因组SNP类型化相比较高的准确性. 它的表现受到区域遗传多样性的影响,特别是在中国.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 流行病学 流行病学
背景情况:
- 结核菌菌 (M.tuberculosis) 基因定型对于追踪疫情和了解传播动态至关重要.
- 许多中国地区的2系菌株占主导地位,因此需要为这些人群提供有效的基因型化工具.
研究的目的:
- 评估核心基因组多部位序列类型化 (cgMLST) 的性能,用于M. tuberculosis菌株的基因类型化.
- 评估cgMLST在2系菌株普遍存在的地区,特别是中国的准确性.
主要方法:
- 分析了中国五个地区6240种M. tuberculosis菌株的全基因组测序 (WGS) 数据.
- cgMLST集群与使用接收器操作特征 (ROC) 曲线和流行病学数据的全基因组SNP类型进行了比较.
- 灵敏度,特异性和一致性被量化,后勤回归评估了遗传多样性和血统对cgMLST性能的影响.
主要成果:
- 为cgMLST基因组聚类确定了≤10个等位基因差异的最佳值.
- cgMLST表现出高整体性能,灵敏度为99.6%,特异性为96.3%,与SNP类型一致性为97.1%.
- 在具有更大的遗传多样性地区,一致性显著更高,而在2系与4系相比,对2系菌株的一致性略低.
结论:
- cgMLST提供了与M. tuberculosis临床菌株的全基因组SNP定型相比较的歧视力.
- cgMLST是一种可行的工具,用于在中国不同地区对M. tuberculosis的基因定型.
- cgMLST的准确性受到区域菌株遗传多样性的影响,在多样性较高的地区表现最佳.
