探索实验参数和数据建模方法对体外转录学出发点估计的影响
Joshua A Harrill1, Logan J Everett1, Derik E Haggard2
1Center for Computational Toxicology and Exposure, Office of Research and Development, US Environmental Protection Agency, Research Triangle Park, NC, USA.
Toxicology
|December 3, 2023
概括
计算方法显著影响使用高通量转录学 (HTTr) 的化学危险评估. 不同的方法产生截然不同的转录起点 (tPOD),强调了在风险评估中需要仔细选择和验证.
科学领域:
- 毒理学和计算生物学
- 开发和应用化学安全评估的新方法方法 (NAMs).
背景情况:
- 高通量转录组学 (HTTr) 是一种有前途的新方法方法 (NAM) 用于化学危害识别.
- 从HTTr数据中精确计算转录起点 (tPOD) 对于风险评估至关重要.
- 对于tPOD计算存在各种计算方法,但它们的性能和对结果的影响尚未完全理解.
研究的目的:
- 评估和比较不同的计算方法来计算tPODs从HTTr数据.
- 评估计算方法与实验条件对tPOD值的影响.
- 为了将计算的tPOD与一组雌激素化合物的外部体外数据进行比较.
主要方法:
- 利用6个数据集从MCF7细胞治疗44种化学品在不同的暴露时间 (6,12,24小时) 和介质配方.
- 使用ToxCast Pipeline 2 (tcplfit2),BMDExpress和PLIER (Pathway Level Information ExtractoR) 处理的个体基因和基因组签名数据进行tPOD计算方法的比较.
- 通过将计算的tPOD与高通量查 (HTS) 对雌激素化合物的测定结果的体外起点 (POD) 进行比较来评估方法.
主要成果:
- 在相同的化学和实验条件下,在不同的计算方法之间,tPODs在数量级上有所不同.
- 计算方法对tPOD变异性产生了比实验条件更大的影响.
- 与外部参考POD集相比,PLIER和BMDExpress的tPOD总体较高.
- 在MCF7细胞中来自HTTr的tPOD通常高于广泛的体外ToxCast试验中的POD.
结论:
- 计算方法的选择显著影响来自HTTr数据的tPOD值.
- 与外部数据的验证对于选择适当的tPOD计算方法至关重要.
- 在多种细胞类型和读取技术中测试化学品对于全面的体外危害查是必要的.
