一个新的临床元蛋白学工作流程使得在疾病中对宿主-微生物动态进行生物信息分析成为可能

科学领域:

• 甲型蛋白质组学是什么意思
• 微生物组研究的研究.
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背景情况:

• 临床元蛋白组学提供了对疾病中宿主微生物群相互作用的见解.
• 临床样本中微生物蛋白质的丰度较低,这对分析构成了挑战.
• 鉴定微生物蛋白质的特征对于理解疾病的发病过程至关重要.

研究的目的:

• 开发一个集成的工作流程,用于在临床样本中识别和量化微生物和宿主蛋白.
• 为了使有针对性的测试开发,调查宿主-微生物动态.
• 为非专家研究人员提供可访问的生物信息学工具.

主要方法:

• 将质谱与定制生物信息学工具 (MetaNovo,SearchGUI/PeptideShaker,MaxQuant,PepQuery2,Unipept,MSstatsTMT) 结合在一起.
• 在银河系生态系统内实施工作流程开发和传播.
• 适用于各种临床样本,包括鼻口腔抽样,支气管支气管洗液和宫抽样.

主要成果:

• 从低丰度的临床样本中成功表征微生物蛋白质.
• 工作流程在分析各种样本类型的证明有效性.
• 开发了一个模块化和集成的生物信息学管道.

结论:

• 集成的工作流可以增强对临床元蛋白组学数据的分析.
• 开发的工具使研究人员能够研究疾病中的宿主微生物动态.
• 工作流可以通过银河训练网络访问,以获得更广泛的研究应用.