scPipe:一个扩展的预处理管道,用于R/生物导体中全面的单细胞ATAC-Seq数据集成.
Shanika L Amarasinghe1,2, Phil Yang1, Oliver Voogd1
1The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, Parkville, Victoria, 3052, Australia.
NAR genomics and bioinformatics
|December 4, 2023
概括
现在scPipe R包支持单细胞ATAC-Seq和多模式数据分析. 它为单细胞基因组学提供了强大的预处理和质量控制,可以在R.中进行下游分析.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- 单细胞RNA测序 (scRNA-Seq) 分析依赖于灵活的生物信息学工具.
- 像ATAC-Seq这样的新兴单细胞技术需要可适应的分析管道.
- 现有的工具可能无法完全支持多模式单细胞数据集成.
研究的目的:
- 增强scPipe R/生物导体包用于单细胞ATAC-Seq和多模式 (RNA-Seq和ATAC-Seq) 数据分析.
- 为各种单细胞基因组学数据开发一个全面的预处理管道.
- 为了促进R环境中单细胞ATAC-Seq数据的下游分析.
主要方法:
- 扩展的scPipe可以处理单细胞ATAC-Seq和多模式数据.
- 实施数据清理步骤,包括删除重复读取和低质量的单元/特征.
- 生成了一个单细胞实验对象,包含稀疏计数矩阵和元数据用于质量控制和注释.
主要成果:
- scPipe通过灵活的质量控制值有效地识别真正的单细胞.
- 该包生成了一个SingleCellExperiment对象,具有全面的质量控制指标和功能注释.
- 证明了scPipe对于下游单细胞ATAC-Seq分析的实用性,例如维度缩小和图案丰富.
结论:
- 增强的scPipe包提供了一个完整的从头到尾的管道,用于单细胞ATAC-Seq和RNA-Seq数据分析在R.
- scPipe为用户提供灵活性,可以根据各种指标微调质量控制参数.
- 该工具使研究人员能够利用生物导体对单细胞基因组学数据的下游分析能力.


