挖掘剂量响应途径的毒基因组数据:在推进下一代风险评估方面的影响
A Rasim Barutcu1, Michael B Black1, Andy Nong1
1ScitoVation LLC, Durham, NC, United States.
Frontiers in toxicology
|December 4, 2023
概括
公正的转录组分析揭示了剂量反应性毒性途径和出发点,改善了化学风险评估. 这种系统毒理学方法补充了针对全面评估的有针对性的方法.
科学领域:
- 毒理学 毒理学 毒理学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- 有针对性的毒性路径调查有助于发现生物标志物.
- 无偏见的系统级转录组分析提供了一个互补的视角.
- 系统地实施无偏向的转录组方法仍然不发达.
研究的目的:
- 展示综合生物信息学方法分析转录基因组数据的力量.
- 以非有针对性的方式识别剂量响应的分子变化,生物途径和起点.
- 评估系统毒理学对改进化学风险评估的有用性.
主要方法:
- 对44种ToxCast化学品的公开可用的MCF7细胞TempO-seq数据进行重新分析.
- 综合生物信息工作流:差异表达,基因组丰富,基准剂量建模,网络可视化.
- 与原始研究的基因签名方法和ToxCast高通量查 (HTS) 试验的比较.
主要成果:
- 确定了对剂量反应的分子变化和扰乱的生物途径.
- 基准剂量建模基于路径总结的顶点终点的起点.
- 揭示了单个终点分析遗漏的额外扰乱机制.
结论:
- 系统毒理学为化学暴露的影响提供了多方面的见解.
- 公正的,数据驱动的技术与针对性的方法一起对于全面的毒性评估至关重要.
- 将omics测定与生物信息学相结合,可以提高化学风险评估,并支持新方法方法 (NAM).
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