简读全基因组测序识别了大多数以前无法解释的无菌性的个体的致病变体
Hildegard Nikki Hall1, David Parry2,3, Mihail Halachev2
1Institute of Genetics and Cancer, The University of Edinburgh MRC Human Genetics Unit, Edinburgh, UK nikki.hall@ed.ac.uk.
整个基因组测序发现了59%的aniridia病例的致病突变,这些突变以前没有被PAX6编码区域分析解释. 这种基因测试方法有效用于诊断无菌病.
科学领域:
- 遗传学 是一个遗传学.
- 眼科医生 眼科 眼科
- 基因组医学是基因组医学.
背景情况:
- 经典的无视症是一种自体主导性疾病,影响着虹膜发育,叶低成形和视觉盘异常.
- 超过90%的经典无血病病例与PAX6基因中的异合体,功能丧失的变体有关.
- 以前的基因查通常集中在PAX6编码区域.
研究的目的:
- 调查全基因组测序 (WGS) 在诊断阳性PAX6编码区域突变的aniridia病例中的实用性.
- 为了确定新的致病变体,包括结构变异和调节元件干扰,在未解释的aniridia个体.
主要方法:
- 短读全基因组测序对来自37个家族的51个人进行了短读全基因组测序.
- 个体之前已经选负的PAX6编码区域内的突变.
主要成果:
- 在37个 (59%) 个家庭中,22个家庭中发现了因果突变.
- 在19个家族中发现了PAX6位点的有害影响,包括新的框架移位变异,拼接位突变和大规模的结构变异 (删除,反转,重新排列).
- 三个家族具有包含FOXC1的删除,这是非典型无血病的原因;七个变体是de novo.
结论:
- 整个基因组测序是以前无法解释的无血症患者的有效诊断工具.
- 世界基因组成功识别了被向基因测序遗漏的致病变体,包括复杂的基因组重组和调控元素效应.
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