国家基因组监测整合了标准化定量敏感性测试,澄清了肠道细菌中的抗微生物耐药性
Shizuo Kayama1, Koji Yahara2, Yo Sugawara3
1Antimicrobial Resistance Research Center, National Institute of Infectious Diseases, Tokyo, Japan. kayama@niid.go.jp.
Nature communications
|December 5, 2023
概括
肠道细菌对抗菌素的耐药性是一个主要威胁. 这项研究详细介绍了大肠杆菌 (Escherichia coli) 和肺炎菌 (Klebsiella pneumoniae) 的耐药性机制,为打击耐药细菌的国家基因组监测提供了蓝图.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 公共卫生 公共卫生
背景情况:
- 抗菌素耐药性 (AMR) 构成了全球重大健康挑战.
- 对第三代头菌素 (3GCs) 和碳烯胺抗性肠道细菌构成了优先级高的威胁.
- 了解耐药机制对于有效的监测和控制至关重要.
研究的目的:
- 在大肠杆菌和Klebsiella pneumoniae.中对第三代素 (3GC) 耐药性机制进行分类.
- 描述卡巴胺耐药性决定因素及其由等离子体传播的性质.
- 建立一个框架,为AMR的国家基因组监测计划.
主要方法:
- 基因组测序和标准化定量抗微生物敏感性测试,对4195个细菌分离物进行测试.
- 对blaCTX-M,blaCMY-2和blaDHA-1基因及其等离子体背景的分析.
- 长读测序用于完整的等离子体重建和对碳烯酶基因的分析.
主要成果:
- 3GC抵抗机制的完整分类,在类似的等离子体上经常发现blaCTX-M-8.
- 识别了blaCMY-2和blaDHA-1作为主要的AmpCβ-乳糖酶基因,通常是塑编码的.
- 检测可产生卡巴酶的菌株,表型易受卡巴胺的菌株,这些菌株在标准测试中被遗漏.
- 重建了183个完整的等离子体序列,详细说明了碳烯酶基因的地理分布和转移事件.
结论:
- 结合抗微生物敏感性测试的基因组监测对于跟踪AMR至关重要.
- 等离子体介导的耐药性,特别是对于3GCs和carbapenems,需要详细的表征.
- 这项研究为日本的国家抗菌素耐药性监测提供了基本蓝图.
