基于图形基因型的结构变异的特征提供了对猪养和当地适应的洞察力
1Key Lab of Agricultural Animal Genetics, Breeding and Reproduction of Ministry of Education and Key Laboratory of Swine Genetics and Breeding of Ministry of Agriculture, College of Animal Science and Technology, Huazhong Agricultural University, Wuhan, Hubei 430070, China.
猪的结构变异 (SV) 影响了遗传多样性和特征. 肌肉特异性增强剂的两个缺失影响了与肉质和肌肉生长相关的基因,为养猪提供了资源.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 动物遗传学动物遗传学
- 进化生物学 进化生物学
背景情况:
- 结构变异 (SVs),包括删除 (DELs) 和插入 (INSs),是家猪遗传多样性和表型变异的关键驱动因素.
- 了解 SVs 的影响对于猪化和适应性研究至关重要.
研究的目的:
- 在一大批猪基因组中绘制和重新基因型结构变异.
- 调查 SVs 在猪养,局部适应和特征变异中的作用.
- 识别特定的SV和相关基因,影响肉质等经济重要特征.
主要方法:
- 利用从长读和短读测序数据中获取的SV库.
- 在402个猪基因组中使用基于图形的方法进行SV重型基因组化.
- 分析了对基因转录和调控元素的影响.
主要成果:
- 通过基于图表的方法,成功地绘制了许多猪基因组SV.
- 通过调控元件识别出可能通过调控元件改变基因转录的人口分层的SVs.
- 在与肉质相关的肌肉增强剂 (FSD2) 和肌肉纤维基因 (LMOD2,WASL) 中发现了两个缺失 (296-bp DEL,chr7; 278-bp DEL,chr18).
结论:
- 结构变异在家猪的进化中起着重要作用.
- 已识别的SV和候选基因为猪基因组研究和养殖计划提供了宝贵的资源.
- 功能性特征SVs的功能性特征为肉质等特征的遗传改进提供了洞察力.
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