对HIV-1药物耐药性测试的ABL NGS试验的评估

科学领域:

• 病毒学 病毒学
• 遗传学 是一个遗传学.
• 分子生物学分子生物学

背景情况:

• 全球艾滋病毒的演变需要持续监测病毒菌株.
• 高通量HIV测序和耐药性测试越来越多.
• 评估新的诊断工具对于有效的艾滋病毒管理至关重要.

研究的目的:

• 在Illumina®平台上评估CE标记ABL NGSHIV基因型鉴定试验的性能.
• 为了将其抗性相关突变 (RAM) 检测与基于桑格的测试进行比较.
• 为了评估NGS测试的成本效益.

主要方法:

• 对一种新型NGSHIV基因定型试验与三种基于桑格的试验进行比较分析.
• 在逆转录酶,蛋白酶和整合酶中检测RAM.
• 对NGS技术进行敏感度值分析 (20%,10%和3%).

主要成果:

• 在20%的灵敏度门下,NGS和桑格测定之间的高度一致 (99.5%-100%).
• 在较低的NGS值 (10%和3%) 上增加了RAM的检测.
• 在3%的门下对抗逆转录病毒敏感性解释的影响最小.
• 随着样本数量的增加,NGS测试单位成本显著下降.

结论:

• 该ABL NGSHIV基因型测定试验显示了与桑格测序相比的稳定性.
• NGS提供了对RAM的增强检测,特别是在较低的值时.
• 虽然最初更昂贵,但NGS为病毒学实验室提供了多重复合的机会.